Curso de análisis de microbiomas con R #06: Estadísticas grupales

Después de hacer un estudio de diversidad, toca darle un poco de rigor estadístico a nuestros datos.

Ya hemos visto las diferencias en diversidad alfa y beta entre nuestras muestras. Pero, ¿son esas diferencias reales y significativas? Eso es lo que vamos a comprobar con las pruebas estadísticas:

1. ANOVA

2. t-test

3. PERMANOVA

Primero usaremos ANOVA, que nos dice si hay diferencias generales entre grupos (como distintos tipos de ambientes). Pero solo nos dice que al menos un grupo es diferente, no cuál.

Para eso utilizamos el test post-hoc de Tukey, que compara todos los pares de grupos posibles para identificar exactamente cuáles difieren entre sí, haciendo un ajuste para evitar equivocarnos por hacer muchas comparaciones.

También emplearemos PERMANOVA, un test específico para comparar la composición global del microbioma entre grupos usando la matriz de distancias que ya calculamos. Este test nos dice si las comunidades microbianas de diferentes ambientes son realmente distintas en conjunto.

Tendremos siempre en cuenta los valores p para asegurar que nuestras conclusiones sean fiables y no fruto del azar.

Con estas herramientas podrás avanzar de lo visual a lo estadísticamente sólido en tu análisis, y así presentar resultados robustos y claros.