Curso de análisis de microbiomas ambientales con R #04: Estudio previo de datos

¡Ahora sí que sí! En esta clase nos metemos de lleno con la manipulación de nuestros datos, filtrando y normalizando.

Unas veces podremos tener muestras con muchas lecturas y otras veces nos encontraremos con muestras con tan pocas lecturas que apenas serán utilizables. Así que, para no introducir sesgos excesivos, analizaremos con datos y gráficos las muestras y la filtraremos para quedarnos con las que realmente son útiles.

Algo parecido pasa con los OTU, que si hay algunas que solo aparecen en unas pocas muestras, quizá se deba a que son agentes externos que no nos interesan, por contaminación o el motivo que sea. Pues sin problema; podemos utilizar la misma librería para hacer este filtrado también.

A nivel de código, esta clase es sencilla. Donde está la clave es en los conceptos.